我们是一个学科交叉的研究课题组。老师和同学来自化学、物理、生物等背景。
你有很好的数学、物理、化学基础想做一些与结构生物信息学相关的研究吗?
你有很好的计算机背景而对生物数据库(比如PDB数据库)的知识挖掘感兴趣吗?
你想弄清楚生物大分子之间为何存在特异性的识别而相互结合与解离吗?它们以此来传递各种信号,决定细胞的生死。
我们致力于功能蛋白质设计、蛋白质-蛋白质相互作用预测以及RNA-蛋白质相互
作用预测,相关论文先后在PNAS、Scientific Reports、Proteins-Structure Funct
ion and Bioinformatics、BMC Bioinformatics、Bioinformatics等国际学术期刊上发
表。本课题组具有充足的科研经费,并与国内外一些顶尖的实验室保持 紧密的合作关系。
我们着重于研究基础生命科学问题,比如蛋白质与蛋白质,蛋白质与RNA,蛋白质与多肽等是如何特异性识别的?
我们是否能够预测生物系统中未知的RNA结合蛋白质?以及RNA-蛋白质相互作用?揭示重要生命过程的分子机制?个体化医疗将极大改善我们的生活。 我们能否利用基础研究中的发现,开发一些有效的工具,
评估我们自身的DNA突变引起蛋白质与RNA的序列变化,从而导致相应的结构变化,
进而对RNA-蛋白质,或者蛋白质-药物作用存在的潜在影响?
目前实验室主要集中在三个研究方向:
其一:从蛋白质,RNA的序列、结构出发,预测RNA与蛋白质是否存在相互作用,作用强度多大(吉布斯自由能)?如果存在相互作用,其相互作用位点在哪里?如果蛋白质与RNA的单体结构可以建模,是否可以预测 RNA-蛋白质的复合物结构?能否对转录组进行功能注释?预测 非编码RNA的功能?预测非编码RNA的潜在蛋白质靶点?
其二:从蛋白质的序列、结构出发,预测蛋白质与蛋白质是否存在相互作用,作用强度多大(吉布斯自由能)?如果存在相互作用,其相互作用位点在哪里?如果蛋白质的单体结构可以建模,是否可以预测蛋白质-蛋白质的复合物结构?
其三:从已知的蛋白质-多肽复合物出发,构建有效的蛋白质-多肽相互作用评估函数,进行多肽设计。
主要产出是文章,副产品是回答相关科学问题的软件。
课题组网页:http://rnabinding.com/
通过电子邮件联系: liushiyong###gmail.com 用@取代###